成立緣起
證券市場為國民儲蓄與生產資金相互結合之樞紐，政府為加速經濟發展，促進資本形成，提高國民就業，民國47年起先後派遣專家，前往美、日等國，研究考察證券市場之業務與管理，48年擬訂「十九點財經改革方案」，並於隔年49年元月頒布實施，其中第二點即為建立資本市場。民國48年3月16日邀請有關部會代表及專家組成「建立證券市場研究小組」從事研究策劃，該小組建議設置證券管理委員會，並配合修訂有關各項法律。前美援會復於民國49年元月間邀請美籍證券市場專家符禮思先生（George M. Ferris）來台，對台灣證券情況及經濟環境作全面考察，並提出報告及建議。政府當局依據證券市場研究小組的研究結論及美籍證券專家的建議，於民國49年8月13日以行政院台四九經字第四四九七號令核定「經濟部證券管理委員會暫行組織規程」，同年9月1日設置證券管理委員會，隸屬經濟部。

經濟部時期
經濟部證券管理委員會成立之初，鑒於原有交易所法及台灣省證券商管理辦法若干規定，難符實際需要，為集思廣益俾利證券市場工作能順利推行，復邀請國內外專家，組成「證券市場工作小組」，並依國家總動員法第18條規定訂定「證券商管理辦法」，於民國50年6月21日由行政院公布施行，以為證券交易法未制定前過渡性準則；該辦法明定主管機關為「經濟部證券管理委員會」，其組織規程由經濟部呈報行政院核定之。臺灣證券交易所於51年2月9日正式開業，57年4月30日政府公布證券交易法，台灣證券市場基本架構自此成型。民國61年12月11日公布「經濟部證券管理委員會組織條例」。

財政部時期
民國70年7月1日證券管理委員會改隸財政部。為因應經濟國際化需要，健全期貨業之管理與發展，民國81年7月10日隨著「國外期貨交易法」之公布，並自公布後6個月施行，財政部證券管理委員會自該法施行時，納入期貨交易管理業務。民國86 年3 月26 日期貨交易法公布，為因應業務需要，爰於民國86年4月完成組織條例修正案立法程序，將機關名稱改為「財政部證券暨期貨管理委員會」。

金管會時期
我國原金融管理制度主要特點為行政管理權集中於財政部，而金融檢查權則分屬財政部、中央銀行及中央存款保險股份有限公司。我國銀行、證券、期貨及保險業之主管機關原為財政部，經統計截至民國93年6月30日止，財政部已依金融控股公司法核准成立金融控股公司有14家，顯示金融集團之發展趨勢於我國已逐漸形成，上述分業監理及分工檢查之管理模式，難以對橫跨銀行、證券、期貨及保險業之金融集團進行有效監理，而金融檢查權與行政管理權分離，亦影響金融監理之效能。為採取一元化之跨業合併監理模式，政府於民國93年6月30日發布「行政院金融監督管理委員會組織法」，93年7月1日成立行政院金融監督管理委員會後，本局改隸屬金管會，並更名為行政院金融監督管理委員會證券期貨局。
另民國98年為配合中央行政機關組織基準法第33條「二級機關之業務單位以4組至6組為原則」規定之訂定，重新檢視本局組織架構，並衡酌辦理證券期貨市場及證券期貨業之監督、管理及其政策、法令之擬訂、規劃、執行等事項之實際需要，將原8組3室暨4個行政室之架構，調整為6組(證券發行組、證券商管理組、證券交易組、投信投顧組、會計審計組、期貨管理組) 、1室(資訊室)暨4個行政單位(人事室、秘書室、政風室、主計室)。
復依民國100年6月29日修正公布「金融監督管理委員會組織法」規定，本局於101年7月1日更名為「金融監督管理委員會證券期貨局」。組織架構仍維持上述6組1室4行政單位之分工。